茗溪学園には早稲田大学、慶應義塾大学、上智大学をはじめ、中央大学、立教大学、青山学院大学、国際基督教大学、明治大学、東京理科大学等120以上の大学から340を超える指定校推薦枠があり、医学部、薬学部、工学部といった理系学部から芸術系学部までほぼすべての学部を網羅しています。指定校を志願する生徒の学内選考は、国内生、海外生を問わず平等に行われます。